1949年3月20日，有兩位學生(台大和師範學院各一）只因共乘一輛腳踏車，遭員警攔下毆打拘押，引發上千名學生聲援，包圍警局請願，警方在群眾壓力下被迫道歉。
3月29日，台灣省主席兼警備總司令陳誠決定鎮壓學生運動，下令緝拿「主謀份子」。（很諷刺是吧！慶祝黃花崗的革命是用鎮壓學生的合理請願方式，國民黨跟滿清比，誰比較殘忍？鼓勵青年要有正義感、要勇敢站出來，不是國民黨先烈的革命精神嗎？怎麼忘這麼快！）
4月6日，軍警包圍兩所大學宿舍，逮捕100多名學生入獄，其中有7名學生被槍決，不少學生失蹤，多位搶救學生的教授，被當局解聘。師範大學被命停課，所有學生一律重新登記，36人被除名。
兩所大學先被大力「整頓」，實行軍事化管理，繼之教官全面進入校園，校園戒嚴正式開始。一般認為，「四六事件」是台灣1950年代白色恐怖的濫觴。
將近半個世紀後，台灣大學成立了一個「四六事件資料蒐集小組」，於1997年6月7日對當年的「四六事件」作出了一個總結報告，其中，對於該事件的歷史意義提出了解釋說：「四六事件的發生，可以視為學生對國共內戰困局的一種積極歷史性回應方式。當時台灣社會農工生產遲滯，政經結構條件極不安定，國民政府又面對國共內戰吃緊，無法全面發展高等教育相關政策。但在此狀態下，台大及師院的學生仍以社會正義為呼聲，充份展現台灣社會戒嚴前，學生自主性動員的遊行、抗議之聲勢，同時參予民間社會、縱論國是的熱情與視野。」
對於當年政府所犯下的錯誤，解嚴之後的新政府決心要予以面對、平反，2000年12月25日，《戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償條例》進行修正，將四六事件受難者列入適用此條例的對象，並由教育部向受難者家屬道歉。
希望能夠藉此彌平傷口，記取教訓，為校園自主、學術自由樹立更良好的基石，只是，當年的生命已然飄零，青春的鐘聲無法迴盪。
政府每一個決定都會對後世產生深遠的影響，台灣學術界長期的鄉愿、吹捧，無法發揮學術良知和風骨，跟四六鎮壓和校園戒嚴有絕對的關係。當我們在慨歎學生不關心公共事務時，要先回頭看看我們是如何漠視自己的歷史，如何壓制獨立思辨自由的心靈？！
