馬英九在2008的競選政見「愛台十二建設」中提出「設立中部科學園區彰化基地」，同年在國科會進行遴選作業前即由平面媒體報導確定二林基地中選。更令人驚訝的是，二林園區的百多公頃土地，恰恰位於台灣中部重要農業生產區的核心地帶，更是位在水資源匱乏以及嚴重地層下陷地區。
國科會宣稱是經由委員會及嚴謹的遴選作業選出該基地，但事實上是國科會精心設計，藉由評選指標將許多重要條件（嚴重地層下陷區、經辦竣農地重劃之特定農業區）排除，再透過權重的賦予讓重要的指標（如國土計劃、區域計劃等上位計劃）變成不重要，而真正重要的指標是開發潛力（22.08％）與開發執行 （29.17％），外加綜合評分（20％），佔總評量權重的71.25％。可見中科四期的選址是政治決定，遴選作業根本是虛晃一招，而國科會濫用科學、操控專家，讓整個國土計劃體制徹底成為「笑話」。
