只不過，不少政界、學界關心台灣主權者，一直對她談判加入WTO時的言行，藏有強烈的疑惑，迄未消解，除非赴任前清楚解釋，國人對其信心恐大打折扣。
一、她完成「工作小組報告」的定稿，作為加入WTO的基本條件，同意將所有具有主權意涵文字三十多處全部刪除，包括「總統」「行政院」「立法院」「司法院」「國防部」「法務部」等，而以不具主權意涵的文字代替，為台灣在WTO地位的爭議播下種子。因此有人指之為「去主權」、「喪權辱國」，未聞她有所解釋。（其所隱瞞者，可在WTO官方網站公開查閱）
二、賴女士對「工作小組報告」定稿過程，刻意隱瞞與扭曲，外交部檔案具體存在。台灣加入WTO，何其重要，這無關藍綠，馬英九總統無須檢視外交部的檔案嗎？
三、她曾接受報紙專訪宣稱當時為爭取台灣權益，「19天內跑過歐盟二十多國」。台灣駐外人員與外國政要約晤何其困難，需花多時安排（有時還需本國外交部協助）。難道外國政要成隊排開，前國接後國，輪流與她討論台灣「主權」？外交部可輕易查證有無此重大行程，其如何達成此破天荒「不可思議的任務」？
