邱義仁被訴在國安會秘書長任內，涉及在「安亞專案」50萬美元機密外交經費中涉嫌詐領案，經法庭二審再度判決無罪。
過去扁政府任內曾企圖遊說日本政府把「安保條約」的「周邊有事」法規加入台灣，為台灣建構龐大的國際安全保護網。這種機密外交沒有經費根本不可能做事，被偏藍的情治與司法人員掌握，又會洩漏日本與綠營的機密。台灣人民那一天才能領悟？
但是殘酷的事實是，國民黨的司法已經把邱義仁打成一個內門山區沒有木床、彈簧床，只有摺疊床的農夫。摧毀台灣一位人才，可見國民黨的「高明」！
公訴權頻遭濫用 (06-22-2012吳景欽)
前國安會秘書長邱義仁遭特偵組以詐領外交經費起訴，經一審與二審皆判決無罪後，由於速審法對第三審上訴嚴格限制之故，若無意外，此案雖將因此終結，卻也凸顯出現行制度對濫訴難以抑制的困境。
為了解決公訴權遭濫用之弊，在2002年即修正《刑事訴訟法第161條》，創設了起訴審查制度，即法院在第一次審判期日前，對檢察官指出之證明方法，若不足以有成立犯罪時，應以裁定通知補正，逾期未補正者，得以裁定駁回起訴。且駁回裁定一旦確定，非有新事實、新證據，不得再行起訴。
惟即便有了此制度，但因只是形式審查，且法院即便認為證據有所不足，仍須令檢察官為補足，而非立即駁回，能產生的制衡效果，極為有限。
此外，為了防止檢方濫行上訴，在2011年所生效的《刑事妥速審判法第九條第一項》即規定，只要第一、二審皆判無罪，只有在判決所適用的法令有違憲或違判例下，才可上訴第三審。惟法院之所以判決無罪，要非檢方濫訴，即是其未盡舉證之責，既然如此，為何仍須經兩個審級，才限制檢察官的上訴權？
