馬英九在2008的競選政見「愛台十二建設」中提出「設立中部科學園區彰化基地」，同年在國科會進行遴選作業前即由平面媒體報導確定二林基地中選。更令人驚訝的是，二林園區的百多公頃土地，恰恰位於台灣中部重要農業生產區的核心地帶，更是位在水資源匱乏以及嚴重地層下陷地區。
國科會宣稱是經由委員會及嚴謹的遴選作業選出該基地，但事實上是國科會精心設計，藉由評選指標將許多重要條件（嚴重地層下陷區、經辦竣農地重劃之特定農業區）排除，再透過權重的賦予讓重要的指標（如國土計劃、區域計劃等上位計劃）變成不重要，而真正重要的指標是開發潛力（22.08％）與開發執行 （29.17％），外加綜合評分（20％），佔總評量權重的71.25％。可見中科四期的選址是政治決定，遴選作業根本是虛晃一招，而國科會濫用科學、操控專家，讓整個國土計劃體制徹底成為「笑話」。
國家機器只服務少數政經權勢
這樣的開發計劃並不符合《區域計劃法》第15條之2「於國土利用係屬適當而合理者」，但在內政部（營建署）積極配合下，讓中科四期通過土地使用變更並取得開發許可。2009年4~6月間內政部連續召開8次區域計劃委員會專案小組會議（平均2周開會一次），並於11月以召開延續會議方式排除民眾與團體參與會議，該會議投票結果11票支持開發，包括2票專家學者委員有條件支持，另完全支持本案開發者 9票皆為政府機關委員（可稱鐵票部隊），而5票反對開發者全為專家學者委員。國家機器淪為服務少數政經權勢的工具，葬送二林基地、毀滅相思寮，而溪州莿仔埤圳的奪水工程亦自此開端。
高層地方利益糾結
今年3月國科會宣布友達光電放棄進駐二林園區，為配合友達興建第11代廠用地需求而開發的中科四期確定政策失敗。錯誤且失敗的決策理應回歸原點，首先要認錯並道歉，其次是停工與還地，最後須究責與檢討，若有新構想則重提計劃並重新進行行政程序。因此，「停工（包括園區與相關工程）」才是真正的依法行政。
二林園區籌設，表面上是競選政見，實則是滿足企業需求，且對地方政治釋放眼前利益（如都市計劃與公共工程），如今企業已無需求，卻仍縱容地方派系要脅，其背後土地與工程利益值得深究。最糟糕是，國科會從未歸零思考，只談計劃轉型與產業調整，這是完全不負責任的打爛仗，更是將錯就錯、一錯再錯。
本案一路錯到底，證明國科會主委，第一，做不了事，只能好好當官粉飾錯誤的政策。第二，願意承受濃得化不開的地方政治利益，卻不願承受國土的失控、環境與健康的風險及農民的淚水與汗水。第三，真正的老闆不是台灣土地與人民，而是高層與地方糾結的利益集團。
