林益世遭台北地院羈押禁見，對於一向以清廉自居的馬英九總統是一大重擊。更諷刺的是，明明馬政府成立了諸多肅貪機制，在此次事件裡，不僅未能發揮主動察覺不法的功能，更得不到人民的信任與信賴。
引發此次事件的主角陳啟祥，為何選擇先向媒體爆料，而非向職司高層公務員貪瀆調查的特偵組為告發？究其原因，當然來自於對特偵組執法公正性的質疑。從這幾年觀察，特偵組最關注者，非阿扁與前朝官員莫屬，但至現今，對阿扁起訴的諸多案件裡，真正判決有罪確定者，竟只有龍潭購地案及此案所衍生的洗錢罪，且此案在事後，還傳出證人指摘檢察官教唆偽證的情事，而特偵組也毫不避嫌的，以查無實證為簽結，致使此案留有相當嚴重的瑕疵。
又如對邱義仁涉及的侵吞外交經費案，特偵組當初亦是沸沸揚揚的偵辦，但在經兩個審級判決無罪後，由於《刑事妥速審判法》第9條第1項的規定，即只要第一、二審皆判無罪，則只有在判決所適用的法令有違憲或違判例，才可上訴第三審下，本案終將以無罪判決為終。如此，要非是檢方濫訴，即是其未盡舉證之責。
防貪機制失去功能
不管何者，必然對檢察權造成損害。對照特偵組對執政者涉及的案件，幾乎皆以簽結為收場，即便無包庇之心，難免讓人對檢察權中立產生懷疑。更讓人感覺，選擇先對媒體爆料，似乎才是自保之道。
而另一個更大的不信任，來自於對防貪機制的失去功能，不管是林益世事件，還是近來的中油、台電弊案，都是由民眾或媒體舉發，則現行防貪機制到底發揮了什麼作用？原本依據《政風機構人員設置管理條例》第3條第1項，在各行政機關與國營事業，皆配置有政風機構，期貪瀆不法能事前察覺，並能取得反貪先機。
只是由於政風人員寄人籬下，再加以其非司法警察，而僅得為行政調查，所能產生的防貪效果自屬有限。更慘的是，現行認定國營事業乃以官股超過百分之五十為標準，因此，若某些國營事業已經民營化，官股未超過此門檻，如中鋼，即會被認為是民營企業，依法即不會設有政風機構，則連最基本的防貪機制都不存在，致易成為貪瀆的溫床。
而在廉政署成立後，所有政風機構皆劃歸其管轄，理應急速檢討與強化防貪機制，但至現今，關乎政風人員與廉政官的職權行使法仍
未見蹤影，則在職權不明，致缺乏反貪利器下，如何能有效為防貪與肅貪工作，實屬一大疑問。尤其是廉政署被劃歸於法務部之下，關於廉政業務還須向行政院所屬的中央廉政委員會為報告，如何能期待其獨立行使職權？尤其在此次事件裡，涉案者為行政院祕書長並為中央廉政委員之一，而成為廉政署的上級監督者，不僅顯得諷刺，更讓人感到錯愕。
貪污，往往屬於一種結構性犯罪，而非一人所能成事，因此，若藉由林益世事件，將貪瀆結構徹底清除，正是執政者與執法者洗刷肅貪不彰污名好機會。若不痛下決心掃蕩，只會使人民感到氣憤失望。
